경북 청도 출생으로, 성균관대학교 유학과와 동대학원 동양철학과를 졸업하고, 일본 츠쿠바대학에서 박사학위를 받았다. 성균관대학교 유교문화연구소장과 대학원장을 역임했으며, 2017년 여름 정년을 맞아 명예교수가 되었다.
동양 철학 속에 담긴 삶의 지혜를 ‘강설’이라는 알기 쉬운 오늘날의 언어로 옮긴 끝에 ‘사서삼경강설’ 시리즈(전6권)를 상재했으며, 『동양 삼국의 주자학』, 『이색-한국 성리학의 원천』, 『이또오 진사이』, 『공자』, 『노자』, 『장자』 등의 동양 사상서와 『하늘의 뜻을 묻다-이기동 교수의 쉽게 풀어 쓴 주역』, 『한마음의 나라 한국』, 『장자, 진리를 찾아 가는 길』 등의 교양서를 비롯해 다수의 저ㆍ역서가 있다.